#author("2022-11-22T14:36:38+09:00","default:Miyashita","Miyashita") #author("2022-11-22T16:09:44+09:00","default:Miyashita","Miyashita") *HDF5のインストール [#oa169485] #contents ~ **はじめに [#pad9e72b] 各種インストールに際して #codeprettify{{ make install }} などと表記しているが，パス(prefix の指定場所)やユーザー(root)によっては sudo が不要なので，都合に応じて変更することに注意されたい．~ ~ **zlib,szipのインストール [#q635c41a] C と Fortran のコンパイラを指す環境変数 CC と FC は事前に定義しておくものとする．configure コマンドと同時に定義してもよい． #codeprettify{{ CC=gcc FC=gfortran }} ~ HDF5のインストールの前に zlib と szip をインストールする．~ [[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから zlib のソースをダウンロードできる．~ ダウンロード後は解凍してインストールを実行する．~ tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば下記の通り． #codeprettify{{ tar zxf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME/local make make install }} szip についても同様に行う．ソースは [[SZIP Compression in HDF Products>https://support.hdfgroup.org/doc_resource/SZIP/]] の "SZIP Source Code" から．~ #codeprettify{{ tar zxf szip-2.1.1.tar.gz cd szip-2.1.1/ ./configure --prefix=$HOME/local make && make install # &&で繋いでも良い }} ~ 最近は cmake と使ってインストールするのが流行り？のようなので， cmake を使う方法も． #codeprettify{{ cd zlib-1.2.11 mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/zlib-1.2.11 make make install }} #codeprettify{{ cd szip-2.1.1 mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/szip-2.1.1 make make install }} ~ **HDF5のインストール [#v8d455c9] The HDF5 Group のページから，HDF5 のソースをダウンロードできる．~ 追記：管理されているウェブサイトが変更になった．ソースは [[HDF SUPPORT PORTAL>https://portal.hdfgroup.org/display/support]] の Downloads から． ~ configure をする前に，pthread.h, libthread.so があるか確認する． #codeprettify{{ locate pthread.h /usr/include/pthread.h locate libpthread.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ }} ↑のパスが一般に参照可能であるならば，次の ./configure での --with-pthread は不要と思われる．~ ~ 次に，いつも通り tar.gz を解凍後，上の pthread 関連のパスを確認して configure で指定する．~ with-package のところは実際に自分のインストールした szip や zlib の場所を指定する．~ szip は with-szip= ではなくて with-szlib= となるらしい． #codeprettify{{ tar -zxf hdf5-1.x.x cd hdf5-1.x.x ./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x \ --enable-fortran --enable-hl --enable-shared \ ./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x --enable-fortran \ --with-szlib=$HOME/local/src/szip-2.1.1 \ # 環境に応じてパスを修正，以降も同じ --with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1 \ --with-pthread=/usr/include/,/usr/lib/x86_64-linux-gnu --with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1 }} また，バージョンごとに分ける必要性を感じなければ，hdf5 の prefix も /hogehoge/hdf5 などで良いかも．~ オプションの --enable-hl や --enable-shared はデフォルトで on になっているバージョンが多いので省略． ~ 他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが，今の所自分に C++ は必須でなく，最新パッケージに対応した環境構築が面倒くさそうだったので諦めた．~ C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆使する．~ ~ configure を実行したら，make と make install で完了．コンパイル中 warning がたくさん出たけど無視した． #codeprettify{{ make make check # 結構長い時間がかかる make install }} FC が ifort の場合で root で make install する場合は root にも ifort のパスが通っているかを確認する．~ ~ ~ ***エラー，ハマったこと [#q6398052] ifort 18.0.1 と，HDF-1.10.1 では，make のコンパイル中にエラーが発生した．内容は[[ここ>https://software.intel.com/en-us/forums/intel-fortran-compiler-for-linux-and-mac-os-x/topic/747951]]に書いてあることとほぼ同じだった．エラーメッセージは Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not appear in a COMMON block. common ブロックと equivalence の問題らしい．~ わからないままだったので，バージョンを下げて HDF5-1.8.20 でコンパイルすることにした．問題なくインストールできた．~ sudo make か root で make をする時は，ifort が root のパスにも入っているかを確認する．~