#author("2021-11-08T17:46:16+09:00","default:Miyashita","Miyashita") #author("2021-11-08T17:47:09+09:00","default:Miyashita","Miyashita") *エラーのログと対処 [#ud69ab65] エラーの根本的な原因がわからないまま載せることが多いので，役には立たないかも．~ #contents ~ **GMT.jl の precompile error [#b926fa4e] GMT.jl はコンパイル失敗しやすい．~ ある時のエラー．~ #codeprettify{{ julia> using GMT: GMT [ Info: Precompiling GMT [5752ebe1-31b9-557e-87aa-f909b540aa54] ERROR: LoadError: failed process: Process(`grep libgdal`, ProcessExited(1)) [1] }} libgdal が探せていない？下は失敗した GMT.jl のソース部分．~ #codeprettify{{ _GMTver, GMTbyConda, _libgmt, _libgdal, _libproj, _GMT_bindir = get_GMTver() if (!GMTbyConda) # In the other case (the non-existing ELSE branch) lib names already known at this point. _libgmt = haskey(ENV, "GMT_LIBRARY") ? ENV["GMT_LIBRARY"] : string(chop(read(`gmt --show-library`, String))) @static Sys.iswindows() ? (Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libgdal = "gdal_w64.dll") : (_libgdal = "gdal_w32.dll")) : ( Sys.isapple() ? (_libgdal = string(split(readlines(pipeline(`otool -L $(_libgmt)`, `grep libgdal`))[1])[1])) : ( Sys.isunix() ? (_libgdal = string(split(readlines(pipeline(`ldd $(_libgmt)`, `grep libgdal`))[1])[3])) : error("Don't know how to install this package in this OS.") ) ) @static Sys.iswindows() ? (Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libproj = "proj_w64.dll") : (_libproj = "proj_w32.dll")) : ( Sys.isapple() ? (_libproj = string(split(readlines(pipeline(`otool -L $(_libgdal)`, `grep libproj`))[1])[1])) : ( Sys.isunix() ? (_libproj = string(split(readlines(pipeline(`ldd $(_libgdal)`, `grep libproj`))[1])[3])) : error("Don't know how to use PROJ4 in this OS.") ) ) end const GMTver, libgmt, libgdal, libproj, GMT_bindir = _GMTver, _libgmt, _libgdal, _libproj, _GMT_bindir }} これをもとに下記コマンドで何が出てくるかを確認． #codeprettify{{ ldd /usr/local/gmt/lib/libgmt.so | grep libgdal }} どうやら，もともと libgmt.so に libgdal が検出できていなかった模様．~ GMT をソースからビルドしたため，cmake で libgdal.so のパッケージが検出できるようにして，再度 GMT をインストールすることで解決．~ または，直接 libgmt.so に libgdal.so の依存関係を追加してもよい． #codeprettify{{ $ patchelf --add-needed libgdal.so libgmt.so $ ldd libgmt.so linux-vdso.so.1 (0x00007ffd4868d000) libgdal.so => /usr/lib/libgdal.so (0x00007f8f8f055000) ..... $ ldd libgmt.so | grep libgdal.so libgdal.so => /usr/lib/libgdal.so (0x00007f8e8aae4000) }} ~ ~ **GMT.jl の makecpt，-D オプション [#h1dc5b50] バージョン~ Julia v1.0.0~ GMT v0.5.0~ makecpt の -D オプションが反映されない問題． #codeprettify(lang-julia){{ using GMT:GMT cpt = GMT.makecpt(C=:polar, T="-1.0/1.0", D=true, V=true) GMT.gmt("write tmp.cpt",cpt); }} で出力された tmp.cpt を見てみると， -1 blue 0 white 0 white 1 red B black F white N 127.5 となり，B, F に -D オプションの効果が入っていない．~ ~ （追記）[[issues #179>https://github.com/GenericMappingTools/GMT.jl/issues/179]]で聞いたら GMT 自体のライブラリが原因らしい．~ 最新の GMT バージョンがリリースされたら適切に動くようになるかも．~ ~ 現状では #codeprettify(lang-julia){{ cptfile = "tmp.cpt" GMT.gmt("makecpt -Cpolar -T-1.0/1.0 -D -V > $cptfile") cpt = GMT.gmt("read -Tc $cptfile") run(`rm -f $cptfile`) }} と一旦 gmt コマンドをそのまま実行し，read で読むと良い．~ ~ （さらに追記 2019/11）~ GMT のバージョン6.0 をインストール後，これの libgmt.so を参照するようにしたら，-D オプションが機能した！~ GMT の開発者さんありがとうございます． ~ ~ ** registry dirty [#t4a40ecf] 環境は Julia v1.0.3, Ubuntu 18.04 LTS．~ #codeprettify(lang-julia){{ (v1.0) pkg> update }} をすると warning が出て ┌ Warning: Some registries failed to update: `~/.julia/registries/General` — registry dirty と言われた．何が dirty なのかは不明．~ [[Issues>https://github.com/JuliaStats/StatsBase.jl/issues/419]]を読んで該当箇所を git で修正したら出なくなった． #codeprettify{{ cd ~/.julia/registries/General git fetch origin --prune git checkout -- . git reset --hard origin/master }} ~ **curlのエラーによるパッケージのアップデート，ビルドのエラー [#k449cef3] バージョン: v1.0.0~ Pkg.update や Pkg.build は curl でエラーが発生すると全部うまくいかない．エラーは下記の通り． curl: (48) An unknown option was passed in to libcurl [[Ubuntu/curl関係のエラー]]の修正をしたらビルド成功．~ ~ ** (謎) 数値の誤表示？ [#d493952b] バージョン： v0.6.2~ 画像から． #ref(https://main-t-miyashita.ssl-lolipop.jp/hydrocoast/image/julia/error_num0.png) 値を変更せず，全く同じことをしているのに， #codeprettify(lang-julia){{ julia> ϕ[24,16,1] 8.099876..... }} となるはずが1度だけ #codeprettify(lang-julia){{ julia> ϕ[24,16,1] 8.899876..... }} になっている．~ ~ **Juno 更新，Atom 再起動，Pkg.update の後に precompiling error [#f5f15b15] バージョン： v0.6.2~ Atom で Juno 更新，再起動，さらに Atom の REPL で #codeprettify(lang-julia){{ Pkg.update() }} を実行した後， #codeprettify(lang-julia){{ using NetCDF }} などを実行しようとしたら，途中でエラーが出現した．下はエラーメッセージ． WARNING: Module Compat with uuid xxxxxxxxxxxxxx is missing from the cache. This may mean module Compat does not support precompilation but is imported by a module that does. ERROR: LoadError: Declaring __precompile__(false) is not allowed in files that are being precompiled. [[issue #19017>https://github.com/JuliaLang/julia/issues/19017]] や [[discourse.julialang.org>https://discourse.julialang.org/t/v-0-6-4-problem-with-plots/12374]] にあることと同じようなもの．~ REPL 再起動では直らず，Atom 再起動をしたらエラーがでなくなった．~ ~ **Atom で Julia の REPL が起動できない [#a02f714a] バージョン： v0.6.2~ Precompiling の HttpPaser のビルドで #codeprettify{{ curl -f -o /home/miyashita/.julia/v0.6/HttpParser/deps/downloads/v2.7.1.zip -L https://github.com/nodejs/http-parser/archive/v2.7.1.zip }} が実行できず，Atom で REPL が起動できなかった．エラーは下の通り． curl: (1) Protocol "https" not supported or disabled in libcurl 何かの際に curl を再インストールして，https からダウンロードできなくなっていた.~ curl の設定を直して, #codeprettify{{ curl -V }} で https が含まれているのを確認した後,再度 terminal から Julia を起動して #codeprettify{{ julia> Pkg.build("HttpParser") }} をしたら正常に戻った．